Parafia w Knyszynie swoje powstanie zawdzięcza fundacji wojewody wileńskiego Mikołaja Radziwiłła z 1520r. On też zbudował nieduży murowany kościół pw. św. Jana Apostoła i Ewangelisty. Został on konsekrowany w dniu 21.03.1601r. przez biskupa wileńskiego Benedykta Wojnę. Źródła historyczne informują także o istnieniu szpitala dla ubogich nieopodal kościoła. Średniowieczne szpitale były domami parafialnymi, w których mieszkali ludzie ubodzy, często niedołężni i bezdomni. Jednocześnie wykonywali określone funkcje w kościele, np. między nabożeństwami śpiewali różaniec i godzinki, pracowali w ogrodzie, oraz kalikowali na chórze, czyli ręcznie napędzali miechy organowe. Duża liczba mieszkańców szpitali była wynikiem częstego przebywania w Knyszynie króla Zygmunta Augusta, który słynął z hojności i częstego udzielania jałmużny.

Kościół ufundowany przez Jana Zamoyskiego ówczesnego starostę knyszyńskiego, był pierwszym murowanym kościołem w Knyszynie i miał znacznie mniejsze wymiary niż obecny. Zbudowany na planie prostokąta o wymiarach 32m x 17m x 13m, posiadał płaskie ściany od wschodu i zachodu, z bardzo małą wieżą, przykryty ceramiczną dachówką. Grubość ścian świątyni wynosiła 1,7 m, w których wewnątrz kościoła, znajdowały się półokrągłe nisze, gdzie siadali wierni podczas nabożeństw. Podczas remontu w 1996r. i odsłonięciu ścian można było naliczyć ich 6 (po 3 z każdej strony). W takim stanie kościół przetrwał 109 lat, aż do 1710r. kiedy to uległ prawie całkowitemu zniszczeniu na skutek pożaru. Ocalały tylko popękane ściany, remont świątyni trwał prawie do 1730r. Ze względu na osłabienie ścian sufit wykonano z drewna, wykonano nowe ołtarze.

W końcu XIX w. postanowiono świątynię powiększyć. Z inicjatywy proboszcza ks. Krzysztofa Aborowicza, w oparciu o projekt arch. Wacława Chrościckiego z Grodna dokonano rozbudowy (1900-1902). Budowlę przedłużono o jedno przęsło, zbudowano wieżę, a nowej fasadzie nadano cechy stylu neoromańskiego. Wewnątrz wykonano ozdobny drewniany strop, który nadaje uroku wnętrzu zabytkowej świątyni.

Źródła;

http://www.knyszyn.archibial.pl/parafia/